早在二战时期，英国对马来亚的殖民政策就作出了较大调整，最主要的调整体现在战争末期提出的“马来亚联邦计划”，其主要内容有两方面：“一是取消马来亚的保护国地位，将马来亚变为殖民部管辖的殖民地，实行直接统治。二是授予华人、印度人公民身份。这项计划推出的同时，英国殖民大臣允诺将给予马来亚自治地位” 。但是，马来亚联邦计划的实施刺激了马来亚民族主义运动的兴起。马来亚民族主义分成两部分：激进民族主义与马来民族统一机构。激进民族主义由马来亚共产党和许多激进小党组成，反对殖民统治，要求马来亚立即自治或独立。针对马来亚联邦计划，马共也提出了替代计划，“要求立即普选产生一个国民大会，并接管对马来亚的控制权” ，这显然是殖民政府无法接受的。马来民族统一机构（以下简称巫统）是马来人的民族主义组织，专注于维护马来人的利益。马共希望通过二战后在全球极具影响力的共产主义意识形态来取得民族独立，华人在其中占据主要力量，而巫统代表的是传统的马来人集团和穆斯林社会的政治利益。因此这两派势力的背后还是马来地区的不同族群之间的利益矛盾。

　　英国人正是利用了这一矛盾来掌控局势。英国认识到要打击激进派的要求，对巫统让步是必要的，于是从1946年底开始与“巫统”和马来苏丹的代表密谈，签订了《马来亚联合邦协定》，于1948年2月1日成立了“马来亚联合邦”。联合邦协定对马来人做出很多让步，恢复了各邦苏丹的地位，对华人、印度人获得公民身份的条件作了十分苛刻的要求。在这一协定下，非马来人在政治上的劣势地位被以法律的形式确定下来。英国通过“马来亚联合邦协定”，对马来人作出让步，大大提高非马来人获得公民资格的条件，保证马来人继续拥有政治特权，以换取巫统对殖民政府的支持。协定遭到激进民族主义者和非马来人的反对，但殖民政府依靠巫统的支持，拒绝作任何让步。马来亚的局势越来越不稳定，“非马来人的政党组织集会与游行，马共领导了多次罢工运动向政府施压” 。面对动荡不定的局势，政府在1948年6月宣布进入“紧急状态”，并宣布马共及其他激进政党为非法组织。为了守住英国在远东的最后一块殖民地，1949年8月，英国在马来亚的殖民当局采取针对马来亚共产党的强硬手段，企图用武力消灭马来亚共产党，以打消马来亚人民的独立愿望。但是，英国在武装镇压马共的同时，越来越感到殖民地人民要求独立的愿望不仅来自马来亚共产党，而且来自广大华人和马来人，这使英殖民当局不得不开始考虑马来亚的独立问题。英国调集几十万军队到1954年基本将“马来亚民族解放军”镇压下去。马共的失败标志着马来亚激进民族主义力量的覆灭。

　　1949年，在英国支持下，成立了一个华人政党马来亚华人公会（马华公会） 。马华公会与巫统相似，也是个社区性政党，代表华人的利益。巫统与马华公会都没有将争取国家独立作为主要目标，而更关心各自的民族利益，马来亚的非殖民化进程一时陷于停顿。英国在紧急状态开始之后调整了对马来亚的殖民政策，殖民大臣格里菲斯强调马来亚的自治进程必须加速。1950年在殖民部一次高级会议上，英国基本确定了对马来亚的殖民政策。殖民部认为，由于“世界局势的变化”，必须加快马来亚的自治进程。英国驻东南亚大专员麦克唐纳说得更清楚： “如果我们对抗变革的步伐，我们将失去亚洲领导人目前的支持。在这件事上我们应该与他们保持一致，这是极端重要的” 。1955年11月殖民大臣伦诺克斯•博伊德在给财政大臣巴特勒的一封信中也认为“正在走向自治的殖民地今后的管理问题是我不得不面对的最令人担忧的问题” 。“1956年，沙捞越第一次实行秘密投票选举，选出了古晋市议会议员……1959年11月，沙捞越举行了第一次普选” 。从这里不难看出，到50年代初英国就已经确定了对马来亚的合作主义政策，即面对民族主义的独立要求时，明智的做法应该是与他们“合作”，而不是对抗。“战后以来南亚和东南亚殖民地的民族主义情绪高涨，认为宗主国不能再仅仅靠军事手段来控制殖民地，最佳途径是通过向民族主义者做出必要的让步，来加强当地的亲西方倾向，使宗主国与殖民地之间能够保持一种有利的经济贸易关系” 。英国不反对在适当的时候给予马来亚独立，但前提是马来亚独立后仍然能够保证英国的主要利益。英国认为马来亚独立的时间只是个技术问题，重要的是如何保住英国的经济与战略利益。因此马来亚非殖民化的进展仍然很顺利，到1955年就组建了内部自治政府。1957年8月31日，马来亚联合邦如期独立，成为英联邦成员国。马来亚联合邦独立后，英国在东南亚仍保留新加坡、沙巴和沙捞越为直辖殖民地。文莱仍为英国的保护国。

　　关于新加坡的非殖民化政策问题，英国的打算与在马来亚地区的政策有较大差异。由于新加坡的战略地位极其重要，在战后初期，英国政府打算把新加坡建成其在东南亚所有殖民地中最繁荣、最稳固的殖民地。根据英国战时东南亚计划，1948年2月，新加坡正式成为英国的直辖殖民地。但是，英国政府企图延缓新加坡自治的时间表，以抑制马来亚的独立进程，遭到新加坡各界人士的反对。1952年，新加坡爆发三次大规模的反殖民统治罢工，迫使英国殖民当局改变对新加坡的统治方式。英国殖民模式的灵活性在这里再一次体现出来，1957年3月，英新双方签署《关于新加坡自治谈判的报告书》。报告书规定，“英国同意新加坡在英联邦范围内实现自治，成立新加坡自治邦，其外交与国防则仍由英国掌管。英国有权在新加坡驻军和建立并使用军事基地。新加坡的内部治安由英国、新加坡和马来亚联合邦三方代表组成的内部安全委员会管理” 。根据双方协议，取消新加坡总督，改由英国任命一名在马来亚出生的人为英王代表。他有权批准法律。英国在新加坡派驻一名高级专员，新加坡的国防、外交、外贸由英国控制和监督，英国有权占有、控制、使用并扩大新加坡军事基地。此外建立一个安全委员会，由英国、新加坡各派3人，马来亚联邦派1人组成，英方代表担任委员会主席。经过两年的谈判，1958年5月，英国政府与新加坡代表达成了关于新加坡实行内部自治问题的最后协议。同年11月，英国女皇颁布了《新加坡自治宪法》。

　　关于北加里曼丹地区的非殖民化，英国基本上采取的是一种逐步撤退的政策，在保证这些地区社会政治基本稳定的前提下，减弱英国的殖民统治色彩。1946 年英国政府恢复对文莱、沙捞越、沙巴的殖民统治后，于1946年7月宣布沙捞越和沙巴为英国的直辖殖民地，文莱仍维持被保护国的地位。1948年英国取消海峡殖民地总督一职，代之以“联合王国驻东南亚钦差大臣”。英国采取这些措施，是打算把沙捞越、沙巴、文莱合并为婆罗洲联邦，以简化殖民管理。随着三地要求合并愿望的加强，英国曾计划将这三地合并成婆罗洲联邦。但文莱苏丹奥马尔•阿里•赛福丁对婆罗洲联邦计划持反对态度，他主张文莱应该实行内部自治和一定程度的议会民主，把权力从英国人手中收复回来。1957年7月英国驻沙捞越和沙巴总督正式提出组建婆罗洲联邦的建议。1958年2月又提出了具体的合并方案。沙捞越和沙巴都赞成这个计划，文莱反应不一。英国允许沙捞越、沙巴、文莱实行一定程度的自治，到1960年，沙捞越由英国委任的总督和一个由欧洲人和马来人混合组成的文官集团共同治理。1961年，沙巴仍然由官方委员控制着行政会议和立法会议，文莱与英国签订了一项新条约取代1906年的条约，根据新条约，英国给予文莱自治，英国保留其对文莱外交、国防及内部治安的管辖权，废除英国驻扎官一职，任命一名英国高级专员为苏丹顾问，英国驻沙捞越总督不再兼任文莱高级专员。